La chiesa di San Giovanni a Mare è situata nei pressi della cattedrale, prospiciente il mare.
L’edificio venne edificato nel X secolo dal duca di Gaeta Giovanni IV e ricostruito in seguito al terremoto del 1213; arricchito con decorazioni barocche, queste sono state demolite nella prima metà del XX secolo. L’edificio presenta come caratteristiche la cupola in stile arabo e il pavimento leggermente inclinato per permettere il defluire delle acque del mare nei periodi di alta marea essendo stata eretta nelle vicinanze del mare, all’esterno della cinta muraria, parzialmente demolita agli inizi degli anni sessanta. L’interno è a tre navate e a croce latina; sono visibili alcuni lacerti superstiti dell’apparato decorativo a fresco dei secoli XIII e XIV, che ornava le pareti, le volte e le absidi. L’altare maggiore è stato composto nel 1928 riutilizzando come paliotto la lastra di un sarcofago romano.
